张克勤教授扎根云贵高原，专注植物病原线虫生物防治研究，通过揭示微生物与线虫互作分子机制，确定致病毒力因子、发掘杀线虫微生物新资源和新化合物、开发出拥有自主知识产权的线虫生物农药并实现规模化生产和应用，开创了线虫防治的新途径。

1、揭示微生物与线虫互作的分子机制。报道了捕食线虫真菌从腐生到寄生的基因调控网络，并发现了启动生活史转换的信号分子，为微生物从腐生到致病的生活史转换理论做出了贡献。发现细菌侵染线虫先吸引后毒杀的“特洛伊木马新机制”，筛选到了系列吸引线虫的信号分子并揭示了线虫感知信号分子的机制。发现并报道线虫抵抗微生物侵染的“诱导产生自噬、识别毒力因子并产生免疫反应、激活转录因子DAF-16”的三条新途径，揭示线虫、细菌、真菌三者互作的分子机制，为开创线虫生物防治的新途径奠定了理论基础。文章发表后得到国际同行的多篇专题评述，受邀为美国植物病理学年鉴撰写微生物与线虫互作机制的专题综述。

2、系统发掘了我国线虫生防微生物资源，建立全球最大的线虫生防微生物资源库。发表杀线虫真菌3个新属，73个新种；发表活性化合物271个，新化合物101个，新骨架化合物14个。其中2个新骨架大环内酯化合物，对病原线虫的致死率与目前国际上最好的杀线虫农药阿维菌素相当且结构式更简单，便于人工合成，为研发新型高效杀线虫剂奠定了基础。

3、坚持不懈地将积累的丰富资源和不断加深的理论认识应用于解决线虫防治的难题，研发出国内首个拥有自主知识产权的线虫生物农药“线虫必克”，实现了产品的规模化生产和应用。更重要的是，基于微生物与线虫互作及生态平衡的基础理论研究突破，创造性的将吸引线虫的信号分子和调控生防菌的生活史转换的信号分子与生防菌集成，研发出二代高效线虫生防制剂“线虫佰控丹”。在云南、山东完成了田间实验，经国内线虫生防领域两次专家现场评估，防效达80%，优于目前市场份额最大的阿维菌素和噻唑膦。

主持“973”、国家攻关、国家基金重点、国家高技术产业化等项目，以通讯或第一作者(含共同)在Annu Rev Phytopathol, Nat Commun，PNAS，Sci Adv，JACS等刊物发表SCI论文189篇，总引4544次，他引3463次，H指数36；主编出版专著6部；以第一获奖人获国家科技进步二等奖1项、云南省自然科学特等奖1项、省部级一等奖6项；获授权发明专利51项。