学校大力提升科技竞争力，依托高峰高原学科建设，积极服务国家创新驱动战略。近三年，学校获得国家科技进步奖二等奖2项，省部级科技奖项44项；获得国家级科研项目230余项；ESI高被引论文40余篇；授权发明专利600余项。在2011年国家大学科技园评价中，上海理工大学国家大学科技园以全国第6名的成绩被评价为A类（优秀）；在2015年国家技术转移示范机构评价中，学校技术转移有限公司以全国第21名，上海市第2名的成绩获评优秀。学校具备军工科研资质，积极为国防建设服务，2014年获得军队科技进步二等奖1项。

学校紧密围绕专业特色，构建“大方向、大团队、大平台、大项目、大成果、大贡献”六位一体科技创新体系，取得一系列标志性科研成果。近年来，共承担了包括国家“973”“863”计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金重大及重点项目、国家社会科学基金项目、西部交通建设科技项目、国土资源调查项目在内的科研项目10000余项，获得包括国家科技进步一等奖在内的国家科技奖励22项、省部级奖励300余项。学校编辑出版8种学术期刊，其中3种入选“中国科技期刊卓越行动计划”。